Hipersensibilidad: Los efectos adversos están limitados a fenómenos de sensibilidad (prurito, exantemas, urticaria) que en ocasiones desaparecen sin que se tenga que suspender el tratamiento. Muy ocasionalmente pueden ocurrir reacciones anafilácticas, eritema multiforme, síndrome de Stevens-Johnson, necrólisis epidérmica tóxica, dermatitis bulosa y exfoliativa y pustulosis exantematosa aguda generalizada (AGEP, del inglés acute generalized exanthematous pustulosis) más graves.
Como sucede con otros antibióticos en raras ocasiones se han comunicado reacciones alérgicas severas, incluyendo edema angioneurótico, anafilaxia, enfermedad del suero y vasculitis por hipersensibilidad.
En raras ocasiones puede ocurrir nefritis intersticial.
Trastornos renales y de las vías urinarias: Muy raro, cristaluria.
Infecciones e infestaciones: Muy raro, candidiasis mucocutánea.
Gastrointestinales: La tolerancia a la Amoxicilina es buena. De acuerdo a la sensibilidad individual: puede ocurrir indigestión, dolor de estómago y flatulencia; Común, diarrea y náuseas. Poco común, vómito. Muy raro, colitis asociada con antibióticos (incluyendo colitis pseudomembranosa y hemorrágica). Lengua pilosa negra.
Hematológicos: Durante el tratamiento con penicilinas se han notado leucopenia transitoria (incluyendo neutropenia o agranulocitosis severas), trombocitopenia y anemia hemolítica. También se han comunicado prolongación del tiempo de sangrado y del tiempo de protrombina.
Hepáticos: Ocasionalmente se ha notado un aumento moderado en las concentraciones de TGO o TGP, o ambos, en pacientes que reciben antibióticos de la clase de la ampicilina, así como Amoxicilina. Como sucede con otros antibióticos betalactámicos, en muy raras ocasiones se han comunicado hepatitis e ictericia colestásica.
Efectos en el SNC: Pueden ocurrir convulsiones en pacientes con deterioro de la función renal, o en los que reciben dosis altas.
Misceláneos: En muy raras ocasiones, se han comunicado alteraciones superficiales en la coloración de los dientes en niños. La buena higiene bucal puede ayudar a prevenir los cambios en la coloración de los dientes ya que usualmente se pueden eliminar con el cepillado.