Gastrointestinales: Son las reacciones adversas más reportadas, generalmente son leves y transitorias y están relacionadas al efecto farmacológico del medicamento y son dosis dependientes. Los eventos más comúnmente reportados son: manchas de grasa, dolor abdominal, flatulencia, heces blandas o líquidas, heces con grasa/aceite, evacuación aceitosa, incremento en la defecación. Se presentan dentro de los 3 primeros meses del tratamiento y la mayoría de los pacientes experimentan únicamente un episodio. El consumo de una dieta baja en grasa y alta en fibra disminuye la probabilidad de experimentar estos eventos adversos. Otras reacciones menos comunes son: urgencia o incontinencia fecal, náuseas, vómito, calambres abdominales, defecación dolorosa y dolor/malestar rectal. Pacientes diabéticos han reportado distensión abdominal. Rara vez se ha reportado incremento de las transaminasas hepáticas y la fosfatasa alcalina. Se han reportado casos aislados de necrosis hepatocelular e insuficiencia hepática aguda en pacientes tratados con orlistat aunque la relación con el medicamento no es clara.
Metabólicos: Durante los estudios clínicos se reportó hipoglucemia en pacientes diabéticos y bajos niveles de hierro en los adolescentes (<64.7 µmol/24 h con orlistat vs 40.4 µmol/24 h con placebo).
Cardiovasculares: Se reportó edema en los pies (2.8%) con orlistat vs placebo (1.9%).
Dermatológicas: Muy rara vez erupciones bulosas.
Psiquiátricos: Se ha reportado depresión.
Renales: Incremento en la excreción urinaria de oxalatos lo que puede predisponer a litiasis renal en algunos pacientes.
Sanguíneos: Disminución de los niveles de protrombina e incremento de INR (proporción internacional normalizada) en pacientes tratados con anticoagulantes.
Otros: Rara vez hipersensibilidad. Los principales síntomas clínicos son prurito, exantema cutáneo, urticaria, angioedema, broncoespasmo y anafilaxia.