Sobretodo en el inicio del tratamiento es probable que algunas mujeres adviertan cambios en los patrones de sangrado menstrual (acortamiento del ciclo, manchado o sangrado irregular, amenorrea transitoria, dismenorrea, tensión mamaria, dolor abdominal, náuseas, vómito, cefalea, retención de líquidos y electrolitos, cambios transitorios y subclínicos en las pruebas de excreción hepática, aumento de peso y cambios en la libido).
Al igual que con cualquier otro estrógeno y prostágeno, las reacciones adversas han sido reportadas en muy raras ocasiones con Perlutal®: Mareos, nerviosismo, depresión, bochornos, reacciones cutáneas como acné o prurito, alteraciones auditivas y visuales.
En el tratamiento anticonceptivo hormonal en general pueden presentarse reacciones como: Tromboflebitis, trombosis arterial o venosa, eventos trobofleticos, ataque cerebral isquémico. Hipertensión neuroretinitis, las cuales pueden conducir a la interrupción del tratamiento. Sin embargo, a la fecha ninguna de éstas han sido relacionadas con el tratamiento con Perlutal®.
En contraposición a los estrógenos sintéticos presentes en los anticonceptivos orales combinados. Perlutal® contiene un estrógeno natural (estradiol) en cual fisiológicamente posee una duración más corta y es menos potente en comparación con los estrógenos sintéticos, por lo que el tipo y la magnitud de los efectos adversos relacionados con Perlutal® puede ser diferente a loa experimentados por los usuarios de los anticonceptivos orales combinados. De hecho, los estudios con acetofénidos de algestona y enantato de estradiol han mostrado un efecto pequeño o nulo sobre la presión sanguínea, la hemostasis y la coagulación, el metabolismo de los lípidos, los carbohidratos y sobre la función hepática, en comparación con los anticonceptivos orales combinados. Además la administración parenteral de Perlutal® elimina el efecto del primer paso de las hormonas sobre el hígado.